Michael Pollwein erhielt seinen ersten Orgelunterricht mit 12 Jahren. Während seiner Gymnasialzeit war er Schüler von Domorganist Walter R. Schuster in Passau. Von 1981 bis 1987 studierte er an der Musikhochschule München die Fächer „Künstlerisches Lehramt an Gymnasien“ und „Konzertfach Orgel“.
Im Jahr 1985 folgten das Erste Staatsexamen und das Orgelexamen „mit Auszeichnung“. Von 1985 bis 1987 war er Student der Meisterklasse Prof. Klemens Schnorr und besuchte Meisterkurse bei Roland Götz in Augsburg und Gaston Litaize in Paris.
Seit Februar 1990 unterrichtet Michael Pollwein Musik am Dominicus-von-Linprun-Gymnasium Viechtach.